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Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le hokage, protecteur et chef du village, est reconnu comme étant le ninja le plus puissant.

Il y a de cela douze ans, le démon renard à neuf queues entreprit la destruction du village de Konoha, mais le Quatrième hokage neutralisa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau né : Naruto Uzumaki. En faisant cela le Quatrième hokage se sacrifia pour sauver Konoha.

L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin, éternel cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ont fini par assimiler Kyûbi à Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraîne dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas. Après plusieurs essais, il arrive finalement à recevoir son bandeau frontal de Konoha et la promotion qui va avec. Suite à la réunion de l'académie ninja, Naruto se voit accompagné par deux nouveaux personnages pour le besoin d'une équipe de trois : le talentueux Sasuke Uchiwa et la sulfureuse Sakura Haruno. Peu après, ils rencontrent leur jônin, celui qui s'occupera de leur formation : le mystérieux Kakashi Hatake.

Durant la première saison Naruto passe l'examen de chûnin mais Orochimaru l'interrompt pour détruire Konoha mais il échoue car le Troisième hokage s'est sacrifié pour sauver Konoha. Peu après, le premier duo de l'Akatsuki, une organisation criminelle, fait son apparition : Itachi Uchiwa et Kisame.

Ensuite, Sasuke quitte Konoha pour rejoindre Orochimaru parce qu'il veut acquérir la force nécessaire pour vaincre son grand frère Itachi et ainsi venger la destruction de son clan et la mort de ses parents.

La seconde saison (en cours, appelée Naruto Shippūden) se recentre autour de Naruto, deux ans et demi plus tard. L'Akatsuki, se réveille et commence à rechercher tous les jinchūriki (porteur de démon aussi appelé réceptacle) pour leur retirer leur bijū (démon) et, à l'aide d'un jutsu, les sceller dans une énorme statue. Il existe neuf différents bijū, classés du plus puissant au moins puissant en fonction du nombre de queues qu'ils possèdent. Ainsi Naruto possède le démon le plus puissant en lui car Kyūbi possède neuf queues. Le premier duo de l'Akatsuki fait son apparition: Deidara, manipulateur d'argile explosive, et Sasori, maître-marionnettiste. Ils capturent Gaara et lui extraient son bijū, le laissant pour mort. Sasori se fait tuer par Sakura – depuis devenue élève de Tsunade – et Chiyo, sa propre grand mère. Gaara est finalement sauvé au prix de la vie de Chiyo. Le débonnaire Tobi remplace Sasori au sein de l'Akatsuki.

On apprend que Kabuto fut un temps espion de l'Akatsuki auprès d'Orochimaru, manipulé par Sasori. Naruto attaque alors Orochimaru et se transforme partiellement en démon-renard. Il a alors quatre queues et perd tout contrôle de lui-même. Quant à Sai, nouveau membre affecté dans l'équipe dirigée par Kakashi, sa mission était en fait de tuer Sasuke mais le jeune ninja finit par renoncer à ses desseins. Un Sasuke plus adulte et très puissant grâce à l'enseignement d'Orochimaru apparaît. Suite à l'affrontement contre son ami, Naruto subit un entraînement sévère. Un nouveau duo d'Akatsuki fait sont apparition : Kakuzu et Hidan. Ces deux combattants seront finalement vaincus par Naruto et Shikamaru, Naruto ayant réussi à neutraliser complètement le plus que vétéran Kakuzu (il a combattu le Premier hokage), et de son côté, Shikamaru a vengé la mort de son sensei (maître) Asuma Sarutobi tué par Hidan.

Un peu plus tard, Sasuke profite d'un moment de faiblesse d'Orochimaru pour s'en débarrasser (son âme sera enfermée dans le corps de Sasuke alors que Kabuto lui redonne partiellement la vie en accueillant les cellules du sannin légendaire dans son propre corps) puis Sasuke constitue une équipe appelée Hebi (serpent) composée de Suigetsu, prisonnier d'Orochimaru et épéiste du village caché de Kiri, Karin, kunoichi (femme ninja) gardienne d'une prison d'Orochimaru ayant comme capacité le repérage de ninjas à leur chakra et enfin de Juūgo, à la double personnalité.

Akatsuki ne tardera pas à découvrir qu'Orochimaru est mort. Deidara, qui se croyait destiné à abattre le Sannin, en veut à Sasuke de l'avoir tué. Avec Tobi, Deidara poursuit donc Sasuke. Le manipulateur d'argile retrouvera finalement l'Uchiwa et s'ensuit une bataille féroce. entre les deux ninjas. Après une lutte acharné, Sasuke et son sharingan semblent prendre le dessus sur leur adversaire. Deidara ne supportant plus la supériorité des pupilles des Uchiwas (ayant déjà perdu face à Itachi, le grand frère de Sasuke) décide de se faire exploser. Au dernier moment, Sasuke utilise un jutsu afin de se transporter dans Manda, le serpent géant autrefois invoqué par Orochimaru. Grâce à Manda, Sasuke survit ainsi à l'explosion finale de Deidara alors que Manda meurt des suites de ses blessures. Pendant ce temps, Konoha a formé des équipes, déterminées à ramener Sasuke. Ceux-ci entendent d'ailleurs l'explosion...

Akatsuki apprend la mort de Deidara. Peu après, on découvre l'identité du chef d'Akatsuki, Pein et de sa partenaire Konan. Tobi, que l'on croyait mort dans l'explosion de Deidera, est en fait toujours vivant et se revèle être le véritable leader de l'Akatsuki. Il possède le sharingan et dit posséder les pouvoirs de Madara Uchiwa et semble très étroitement lié à ce personnage.

Itachi vient alors à la rencontre de Sasuke, celui-ci étant toujours aussi déterminé à se venger. Un court combat s'entame et se solde par la disparition d'Itachi, qui s'enfuit dans un blizzard de corbeaux. Avant de partir, l'ainé des Uchiwas prie Sasuke de le rejoindre à Konoha, dans l'ancien quartier de leur clan. Hebi se reforme et se dirige vers le point de rendez-vous.

Jiraya se prépare à se rendre au village caché de la pluie pour faire face à Pein. Avant de partir, il rencontre Tsunade. Durant cet échange, Jiraya mentionne que Naruto ressemble beaucoup à Minato, soit le Yondaime Hokage. Le lien de parenté entre Yondaime et Naruto est confirmé. Naruto est le fils de Yondaime et d'Uzumaki Kushina, une kunoichi de l'ex-pays des tourbillons. Ces paroles semblent être des mots d'adieu. Jiraya se prépare sans doute à mourir.

Arrivé au village de la pluie, Jiraya attire 2 ninja de ce pays dans un traquenard et les séquestre pour leur soutirer des informations. Pein est considéré comme un dieu dans ce pays. Ils les a supposément "libérés" et a tué l'ancien seigneur. L'un des deux ninjas révèle que Pein est un être rempli de cruauté...

Du haut de leur repaire, Pein arrête la pluie et demande à Konan de réaliser son jutsu. Dès alors, le corps de Konan se détache en bouts de papier. Ces morceaux de papier se plient d'eux-même en minuscules papillons et s'envolent à travers la ville... pour repérer l'intrus qui "interrompait" la pluie de Pein. Ce dernier possède plusieurs corps, entreposés dans des cages de verres. Il se couche dans une cage vide et un autre corps se lève. Konan retrouve Jiraya qui avait pris l'apparence d'un des ninjas qu'il avait séquestré.

Pendant ce temps, Sasuke avec son équipe croise un clone de Naruto qu'il détruira avec le chidori, Naruto sait où se trouve Sasuke et l'équipe de Konoha le poursuit. Quant à Jiraya il fait face Konan qu'il semble connaitre. Pein a changé de corps et dit qu'il n'aura aucun regret à tuer Jiraya. On apprend que Pein et Konan sont des orphelins ayant perdu leur parents suite à la guerre et que Jiraya s'est occupé d'eux ainsi que d'un autre orphelin et leur a apprit le ninjutsu. Plus tard, toujours dans le flashback, la petite Konan l'urge à intervenir dehors. On voit un chunnin du village caché de la roche, mort. Un des deux gamins est agenouillé sur le sol tandis que l'autre, Nagato, est debout. Il lève la tête. Ses yeux sont les mêmes que Pein, ce qui porte à croire que c'est le vrai corps de Pein.

La nature des yeux de Pein est dévoilée par Jiraiya : c'est le Rinnegan, le Dōjutsu qu'il dit être le plus puissant des 3 principaux.